Erste Baptistengemeinden entstanden bereits 1608/1611 in Holland und England und verbreiteten sich rasch nach Nordamerika. Sie hatten ihre Wurzeln im englischen Puritanismus und in der Täuferbewegung der Reformationszeit.

Auch der in Eisenach bekannte Fritz Erbe zählt zu den frühen Täufern. In Deutschland wurde die erste Baptisten- gemeinde 1834 in Hamburg durch den Kaufmann J.G.Oncken gegründet. Hausversammlungen von Baptisten in Eisenach sind seit 1886 bekannt. Dazu gab es in Eisenach auch eine Brüdergemeinde, die aus einer verwandten Tradition stammt.

Die deutschen Baptisten- und Brüdergemeinden schlossen sich 1941 zum Bund Evangelisch-Freikirchlicher Gemeinden zusammen. Zur gleichen Zeit gingen auch die beiden Eisenacher Gemeinden zu einer neuen zusammen. 1944 wurde diese selbständig (vorher war sie eine Station der EFG Oberellen gewesen. Lange war die Gemeinde am Jakobsplan 2 untergebracht gewesen. In den 1970er Jahren musste sie wegen dem Neubau des Goetheviertels ihr Domizil aufgeben. Das neue Gemeindehaus in der Julius-Lippold-Strasse wurde überwiegend in Eigenleistung errichtet und konnte 1987 eingeweiht werden. Unser Foyer kam 2003 hinzu.